Pdftk es una herramienta que te permite, mediante la línea de comandos, realizar una serie de acciones sobre archivos PDF. Puedes unirlos, desunirlos, rotarlos, mezclar páginas, encriptar, desencriptar, rellenar formularios y mucho más.
Las desventaja para muchos es que se usa la línea de comandos. Yo, en mi opinión, lo veo una gran ventaja y comodidad aunque entiendo que para muchos puede resultar un poco lioso.
Si tienes Ubuntu o una distribución basada en ésta es muy fácil instalarlo, tienes tres opciones: