Posiblemente, no sea el único que haya sufrido alguna vez los daños que pueden provocar en un sistema regido por APT, un paquete seriamente dañado. Cuando agregas repositorios que se solapan con otros, por ejemplo, puedes sufrir este tipo de problemas.

La consecuencia de este problema es que no podamos instalar o actualizar ciertos paquetes y con el tiempo, esto sí que es un problema grave. ¿Solución? He leído un tip muy completo en el genial blog de Ubuntu Life y aquí abajo os lo dejo tal cual (aunque os recomiendo leer el original algo más completo).

Si tenemos problemas con la instalacion de algun determinado paquete que no termina de instalarse correctamente, lo primero que deberiamos intentar es usar Synaptic para solucionarlo desde el entorno grafico (Puede que sea un paquete Roto que podemos eliminar) o ejecutar algun comando como (para reparar los problemas de dependencias):

dpkg --configure -a
apt-get -f install

Podemos intentar tambien forzar la instalacion del paquete con el flag force-overwrite, por ejemplo:

dpkg -i --force-overwrite /var/cache/apt/archives/libcupsys2-dev_1.1.23-3_i386.deb

O Limpiar la cache de apt de todos aquellos paquetes que ya no pueden descargarse:

apt-get autoclean

o intentar borrar el paquete con:

apt-get autoremove paquete

o,

apt-get --purge remove paquete

Y si todo ello no resulta, ya solo nos queda probar la eliminacion del paquete seriamente dañado con:

1)
dpkg --purge --force-remove-reinstreq <nombre del paquete>

y si aun asi, 1) no funciona entonces probariamos:

2)
a. Ejecutamos dpkg --listfiles
y Buscamos cada fichero que se instalo de los que dan problemas para a continuación buscarlos y eliminarlos.

b. Editar el archivo /var/lib/dpkg/status
Eliminar la sección del paquete seriamente dañado (Hacer una copia de seguridad antes de editar el archivo)

c. Editar el archivo /var/lib/dpkg/available
Eliminar la sección del paquete seriamente dañado (Hacer una copia de seguridad antes de editar el archivo)